專利名稱：檢測(cè)22q11微缺失綜合征的基因芯片及使用方法、試劑盒的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種生物技術(shù)領(lǐng)域的基因芯片及使用方法、試劑盒，具體涉及一種檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片及使用方法、試劑盒。
背景技術(shù)：
22qll微缺失綜合征(22qllDQ是最常見的遺傳綜合征之一，在新生兒中的發(fā)生率約為1/9804 1/5950，其發(fā)生是由于22號(hào)染色體長(zhǎng)臂近著絲粒段qll. 21 qll. 23雜合性缺失所致。主要包括以臨床表型特征定義的DiGeorge綜合征(DGS)、腭-心-面綜合征(VCre)、圓錐動(dòng)脈干-異常面容綜合征(CAFS)、Cayler心面綜合征和部分單純性先天性心臟病(CHD)。盡管22qllDS表型廣泛且多樣，但大多數(shù)患有CHD，由于他們經(jīng)常合并低鈣血癥、免疫功能低下、后鼻孔堵塞等異常，手術(shù)成功率及預(yù)后遠(yuǎn)不如非綜合征型CHD患者， 所以產(chǎn)前診斷、二級(jí)干預(yù)將成為預(yù)防嚴(yán)重出生缺陷的主要手段。先天性心臟病CHD是22qll最常見的表型，大約75% 85%的22qllDS患者都會(huì)發(fā)生CHD，并且所涉及的CHD表型并不特異，換言之，幾乎所有CHD類型的患者都有可能存在 22qll微缺失。除CHD外，22qllDS患者還可能存在多個(gè)系統(tǒng)的異常，文獻(xiàn)報(bào)道的有180多種，比較常見的有典型的面容(瞼裂狹小、盔狀眼瞼、鼻根部凸出、鼻尖肥大、方形外耳郭、口及下巴較小)、細(xì)胞免疫缺陷、低鈣血癥、腭裂、胃腸道功能紊亂和喂養(yǎng)困難、生殖泌尿器官畸形、骨骼異常、內(nèi)分泌紊亂、語(yǔ)言和學(xué)習(xí)障礙、行為和精神異常等。嬰兒常常由于顯著的喂養(yǎng)困難而導(dǎo)致生長(zhǎng)發(fā)育停滯；較大的兒童則往往會(huì)因一系列行為問(wèn)題如注意力不集中、多動(dòng)癥、孤獨(dú)癥而在學(xué)校中經(jīng)歷困難；成人則會(huì)出現(xiàn)反復(fù)性的呼吸道感染、自身免疫紊亂、心理異常、 精神分裂癥。嬰兒期持續(xù)的低鈣血癥是由于甲狀旁腺功能低下所致，通常在1歲時(shí)恢復(fù)正常，但兒童期和成人期容易復(fù)發(fā)。由于CHD是22qllDS常見的表型，涉及類型多種多樣，且隨著國(guó)際婦產(chǎn)科超聲協(xié)會(huì) “胎兒心臟篩查指南”的頒布，對(duì)妊娠中晚期胎兒心臟篩查進(jìn)行指導(dǎo)，規(guī)范了篩查切面，提高了篩查效率，使得大部分復(fù)雜先心病在產(chǎn)前得以診斷。因而，對(duì)超聲篩查發(fā)現(xiàn)的CHD胎兒進(jìn)行22qll微缺失產(chǎn)前診斷，及早進(jìn)行出生缺陷干預(yù)及再發(fā)生育風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，將成為產(chǎn)前診斷的重要課題；此外，由于10 % 15 %的22ql 1微缺失來(lái)自遺傳，有22ql 1微缺失生育史和夫婦雙方中有22qll微缺失者再次妊娠時(shí)也需進(jìn)行產(chǎn)前診斷。目前對(duì)22qllDS的檢測(cè)有以下幾種方法染色體核型分析，一般作為初篩手段；熒光原位雜交(FISH)，檢出率為90 %-95%;多重PCR，但是必須有父母的DNA作為對(duì)照；以及多重連接探針擴(kuò)增(MLPA)、實(shí)時(shí)熒光定量PCR(RT-PCR)等。然而尚無(wú)一種快速、低成本、大通量和自動(dòng)化檢測(cè)22qll微缺失綜合征基因突變的方法。比較基因組雜交(CGH)芯片分析技術(shù)是一種突破性技術(shù)，能夠支持研究人員通過(guò)微陣列準(zhǔn)確研究與疾病有關(guān)的染色體的變化。比較基因組雜交(CGH)芯片分析的原理是在一張芯片上用兩份標(biāo)記不同熒光素的樣品(檢測(cè)樣品和對(duì)照樣品)同時(shí)進(jìn)行雜交，從而快速而又直觀地檢測(cè)實(shí)驗(yàn)樣品和對(duì)照樣品之間基因組DNA的拷貝數(shù)量的差異。CGH應(yīng)用于疾病遺傳學(xué)的研究，可以提供一個(gè)全基因組的掃描圖，提示樣本DNA在整個(gè)染色體組的哪個(gè)特定位置存在擴(kuò)增或缺失，那些發(fā)生擴(kuò)增的區(qū)域，極有可能存在致病基因，而缺失區(qū)域即可能包含一些抑制基因。因此，需要一種新的技術(shù)方案來(lái)克服現(xiàn)有技術(shù)的上述不足和缺點(diǎn)。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片及使用方法、試劑盒。本發(fā)明的基因芯片操作步驟簡(jiǎn)單，檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，時(shí)間短，成本低的特點(diǎn)。本發(fā)明還提供了前述檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片的使用方法和試劑盒。本發(fā)明的目的是通過(guò)以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)第一方面，本發(fā)明提供一種檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片，包括固相載體和固定在該固相載體上的寡核苷酸探針，所述寡核苷酸探針為SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列。優(yōu)選地，所述固相載體選自載玻片、硅片、硝酸纖維素膜、尼龍膜或聚本乙烯。第二方面，本發(fā)明還涉及前述檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基于芯片的使用方法， 包括以下步驟(a)制備樣品DNA片段；(b)熒光標(biāo)記上述DNA片段；(c)洗脫上述標(biāo)記產(chǎn)物；(d)將標(biāo)記產(chǎn)物與所述基因芯片雜交；(e)掃描檢測(cè)基因芯片的雜交信號(hào)，獲得結(jié)果。第三方面，本發(fā)明還涉及一種用于檢測(cè)22qll微缺失綜合征的試劑盒，所述試劑盒包括權(quán)利要求1所述的基因芯片。優(yōu)選地，所述試劑盒還包括標(biāo)記物，所述標(biāo)記物為Cy3_dUTP。優(yōu)選地，該試劑盒還包括標(biāo)記物，所述標(biāo)記物為Cy5_dUTP。本發(fā)明具有如下的有益效果本發(fā)明的基因芯片操作步驟簡(jiǎn)單，檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，該芯片多次試驗(yàn)重復(fù)性高；時(shí)間短，從樣本抽提到獲得掃描結(jié)果可在一天內(nèi)完成。
具體實(shí)施例方式下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解為這些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件，例如Sambrook等分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)見New York Cold Spring Harbor Laboratory出版社1989年版中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。實(shí)施例本實(shí)施例的基因芯片由固相載體和固定在該固相載體上的寡核苷酸探針，所述寡核苷酸探針為SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列，所述固相載體為玻片。本實(shí)施例基因芯片的固相載也可選用硝酸纖維素膜、硅片、尼龍膜或聚本乙烯。本實(shí)施例的寡核苷酸探針由安捷倫公司生產(chǎn)，同時(shí)本實(shí)施例的基因芯片也由安捷倫公司按照常規(guī)方法生產(chǎn)。
本實(shí)施例基因芯片的使用方法，步驟如下(1)樣品DNA片段的制備取患者、正常人血液，采用常規(guī)方法抽提全基因組DNA(gDNA)。將水浴鍋溫度調(diào)到371和651，溶化10\8吐作『C (見下表)，短暫渦旋震蕩后離心數(shù)秒。對(duì)每個(gè)反應(yīng)來(lái)說(shuō)，將gDNA加入到適當(dāng)?shù)臒o(wú)核酸酶的PCR管中，并加入無(wú)核酸酶的水使反應(yīng)體積達(dá)到10. 1 μ L0在冰上準(zhǔn)備酶切混合母液，按順序加入以下試劑
權(quán)利要求
1.一種檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片，包括固相載體和固定在該固相載體上的寡核苷酸探針，其特征在于，所述寡核苷酸探針為SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)22qll微缺失綜合征的的基因芯片，其特征在于，所述固相載體選自載玻片、硅片、硝酸纖維素膜、尼龍膜或聚本乙烯。
3.—種如權(quán)利要求1所述檢測(cè)22qll微缺失綜合征的基因芯片的使用方法，其特征在于，包括以下步驟(a)制備樣品DNA片段；(b)熒光標(biāo)記上述DNA片段；(c)洗脫上述標(biāo)記產(chǎn)物；(d)將標(biāo)記產(chǎn)物與所述基因芯片雜交；(e)掃描檢測(cè)基因芯片的雜交信號(hào)，獲得結(jié)果。
4.一種用于檢測(cè)22qll微缺失綜合征的試劑盒，其特征在于，該試劑盒包括權(quán)利要求1 所述的基因芯片。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的用于檢測(cè)22qll微缺失綜合征的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括標(biāo)記物，所述標(biāo)記物為Cy3-dUTP。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的檢測(cè)22qll微缺失綜合征的試劑盒，其特征在于，該試劑盒還包括標(biāo)記物，所述標(biāo)記物為Cy5-dUTP。
全文摘要
本發(fā)明涉及一種檢測(cè)22q11微缺失綜合征的基因芯片及使用方法、試劑盒，所述基因芯片包括固相載體和固定在該固相載體上的探針，所述寡核苷酸探針為SEQ ID NO.1-50所示的核苷酸序列；所述使用方法包括如下步驟(a)制備樣品DNA片段；(b)熒光標(biāo)記上述DNA片段；(c)洗脫上述標(biāo)記產(chǎn)物；(d)將標(biāo)記產(chǎn)物與所述基因芯片雜交；(e)掃描檢測(cè)基因芯片的雜交信號(hào)，獲得結(jié)果；本發(fā)明還涉及包含前述基因芯片的試劑盒。本發(fā)明的基因芯片操作步驟簡(jiǎn)單，檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，從樣本抽提到得到掃描結(jié)果可在一個(gè)工作日內(nèi)完成，成本低，適用于臨床患者基因突變檢測(cè)、產(chǎn)前診斷和正常人雜合子攜帶者檢測(cè)。
文檔編號(hào)C40B40/06GK102533974SQ20111041018
公開日2012年7月4日 申請(qǐng)日期2011年12月9日 優(yōu)先權(quán)日2011年12月9日
發(fā)明者吳茜, 李笑天, 秦勝營(yíng), 賀林, 郭奇桑, 龔小會(huì) 申請(qǐng)人:上海交通大學(xué), 復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院